Pacjent zakwalifikowany do leczenia ortodontycznego wymaga odpowiedniego przygotowania, m.in. edukacji z zakresu nowych zasad higieny jamy ustnej. Prawidłowa higiena jamy ustnej należy do kluczowych czynników, które wpływają na jakość i czas trwania terapii, jednak wyniki wielu badań wykazują gwałtowny spadek poziomu higieny jamy ustnej u pacjentów podczas regulacji zgryzu. Stosowanie aparatu ortodontycznego może sprzyjać odkładaniu się płytki bakteryjnej, utrudniać wykonywanie zabiegów higienicznych i osłabiać procesy samooczyszczania jamy ustnej za pomocą śliny.
Higiena jamy ustnej obejmuje głównie (ale nie tylko) higienę uzębienia. Jamę ustną wyściela gładka, wilgotna błona śluzowa. Drobne gruczoły śluzowe pokrywają ją warstwą śluzu, co ułatwia usuwanie resztek pokarmowych; podobną rolę pełnią ruchy połykania, dzięki którym resztki, bakterie i złuszczony nabłonek są połykane i trafiają do żołądka. Jednak resztki pokarmowe w każdych warunkach (również prawidłowych) mogą zalegać w przestrzeniach międzyzębowych, na szyjkach zębów przy brzegu dziąsła i na powierzchni zębów, zwłaszcza żujących. W warunkach patologicznych (np. gdy istnieją ubytki próchnicowe lub gdy zęby są nieprawidłowo ustawione w łuku zębowym) utrzymanie właściwego poziomu higieny jest utrudnione; źródłem problemów bywają też szyny i aparaty ortodontyczne. Dlatego leczenie ortodontyczne powinno być poprzedzone pełną sanacją jamy ustnej oraz szkoleniem nt. prawidłowych zabiegów higienicznych w obrębie jamy ustnej (bez względu na rodzaj stosowanego aparatu). Długi czas trwania terapii wiąże się z koniecznością zmian obecnych i utrwalenia nowych, właściwych nawyków, ścisłego przestrzegania zasad higieny jamy ustnej i aparatu w celu ochrony przed nasileniem choroby próchnicowej i periodontopatii zapalnych.
Szczególnej uwagi wymagają pacjenci leczeni aparatem stałym, którego elementy (pierścienie, zamki) ułatwiają gromadzenie się płytki nazębnej i kolonizację bakterii; mogą stanowić także czynnik urazowy w jamie ustnej. W okolicy „problematycznych” elementów ortodontycznych może dojść do odwapnień, a bakterie produkujące kwasy (czynnik próchnicogenny) mogą również uczestniczyć w etiopatogenezie chorób przyzębia.
Regulacja zgryzu powinna być ściśle połączona z profilaktyką próchnicy.
Pacjenci leczeni aparatami stałymi powinni unikać pokarmów twardych (np. orzechów), które mogłyby uszkodzić elementy aparatu; niewskazane jest również spożywanie produktów włóknistych i lepkich (aparat stanowi retencję dla takich resztek).
Utrzymaniu prawidłowej higieny jamy ustnej sprzyja stosowanie płynów wybarwiających osad i płytkę nazębną oraz dobrana szczoteczka do zębów (ręczna lub elektryczna), odpowiednie nici dentystyczne, wykałaczki, szczoteczki międzyzębowe (zalecane zwłaszcza w przypadku aparatów stałych). Przydatne są także irygatory wodne, które wspomagają oczyszczanie miejsc trudnodostępnych, usuwanie płytki bakteryjnej i wypłukiwanie resztek pokarmowych z kieszonek dziąsłowych i miejsc retencji.
Zęby po każdym posiłku należy szczotkować pastą z dodatkiem fluorku. Zaleca się również płukanie jamy ustnej roztworem fluorku sodu.
Pacjenci stosujący aparaty ruchome powinni zakładać je po dokładnym wyszczotkowaniu zębów. Aparat należy oczyszczać za pomocą specjalnej szczoteczki, używając preparatów do pielęgnacji aparatów ruchomych lub wody z pastą do zębów. Aparat powinno się przechowywać w stanie suchym, w czystym pudełku przeznaczonym wyłącznie do tego celu.
Warunkiem powodzenia leczenia ortodontycznego jest również zdrowie przyzębia, w którym zachodzą liczne procesy resorpcji i apozycji. W przypadku aparatów ruchomych – obok utrzymywania odpowiedniego poziomu higieny jamy ustnej – istotne jest prawidłowe wykonanie aparatu, które powinno redukować do minimum ryzyko ewentualnych uszkodzeń (np. międzyzębowe klamry ortodontyczne nie mogą uszkadzać dziąsła brzeżnego). W aparatach stałych duże znaczenie przypisuje się m.in. właściwemu dopasowaniu pierścieni ortodontycznych, osadzeniu zamków i dokładnemu usuwaniu nadmiaru kleju w celu redukcji potencjalnych miejsc retencji.