Czynniki przyczynowe nieprawidłowości zgryzowych dzieli się na ogólne i miejscowe. Na przyczyny ogólne składają się zaburzenia wewnątrzwydzielnicze, dziedziczność, choroby ogólne, działające na organizm matki czynniki zewnątrzpochodne (np. nieprawidłowe ułożenie płodu, awitaminozy, leki teratogenne). Wśród czynników miejscowych wymienia się: zaburzenie czynności fizjologicznych (m.in. połykania, żucia), parafunkcje (obgryzanie paznokci, zgrzytanie zębami), próchnicę i urazy.
Na powstanie nieprawidłowości zgryzowych mogą wpływać wyłącznie czynniki genetyczne (zespół Downa), wyłącznie czynniki środowiskowe (np. urazy) lub zarówno czynniki genetyczne, jak środowiskowe (rozszczep podniebienia).
Do szkodliwych, uszkadzających czynników zewnątrzpochodnych działających w okresie prenatalnym (zwłaszcza w ciągu dwóch pierwszych miesięcy ciąży) wymienia się:
Zaburzenie rozwoju żuchwy w okresie embrionalnym prowadzi do powstania sekwencji Pierre’a Robina (wrodzony niedorozwój żuchwy, przemieszczenie języka, rozszczep podniebienia miękkiego).
Negatywny wpływ na rozwój narządu żucia wywierają ponadto choroby zakaźne, szczególnie we wczesnej ciąży (w okresie organogenezy – do 85. dnia ciąży): wirusowe (m.in. różyczka, odra, ospa wietrzna, opryszczka zwykła), pasożytnicze (toksoplazmoza). Szkodliwe są również choroby ogólne (cukrzyca, niewydolność krążenia, niedokrwistość) i złe warunki bytowe, poza tym niedobory witamin (A, B2, D), działanie niektórych leków (sulfonamidy, talidomid), promieniowanie jonizujące i oczywiście używki.
Zaburzenia wewnątrzwydzielnicze (endokrynopatie) mogą mieć charakter wrodzony lub nabyty; brak, niedobór lub nadmiar hormonów może działać pobudzająco lub hamująco na rozwój i wzrost (całego ciała lub jego części). Np. u osób dorosłych z akromegalią (nadczynność przysadki mózgowej po ukończeniu rozwoju kośćca) występuje przerost kości i tkanek miękkich w obwodowych częściach ciała; zgryzowo stwierdza się zwykle przodożuchwie morfologiczne (w wyniku przerostu gałęzi żuchwy), które może być powikłane zgryzem otwartym. W przypadku obrzęku śluzakowatego (na tle niedoczynności tarczycy) obserwuje się opóźnione wyrzynanie zębów mlecznych i stałych, przetrwałe zęby mleczne, zgryz otwarty lub tyłożuchwie morfologiczne.
Do chorób ogólnoustrojowych powodujących zaburzenia w układzie stomatognatycznym należy przede wszystkim krzywica – najczęstsza przyczyna zgryzu otwartego całkowitego lub tyłożuchwia morfologicznego.
W okresie pozapłodowym za nieprawidłowości zgryzu najczęściej odpowiadają czynniki miejscowe – dysfunkcje, parafunkcje, skutki próchnicy lub urazów.
Wśród dysfunkcji, które mogą przyczyniać się do zniekształceń w narządzie żucia, wymienia się zaburzenia różnych czynności fizjologicznych np. połykania, żucia, oddychania. Za nieprawidłowości zgryzowe odpowiadać mogą także wady postawy lub nieprawidłowa pozycja dziecka podczas snu/karmienia. Za szczególnie szkodliwe uważa się bodźce działające długotrwale (nawet o małej sile). Np. oddychanie przez usta może powodować m.in. tyłozgryz lub tyłożuchwie, wychylenie górnych siekaczy, zgryz krzyżowy boczny (oddychanie przez nos wspiera prawidłowy rozwój szczęk).
Do powstania wady zgryzu przyczyniać mogą się parafunkcje – nawyki ruchowe, które wywierają szkodliwy wpływ na narząd żucia, np.
Przyczyną nieprawidłowości zgryzowych może być przedwczesna utrata zębów (mlecznych lub stałych) w wyniku urazu lub (najczęściej) próchnicy, co prowadzi do obniżenia płaszczyzny zgryzu i zgryzu głębokiego rzekomego. Skutkiem rozległych ubytków na powierzchniach stycznych zębów bocznych jest skrócenie łuku zębowego, co w okresie rozwojowym może powodować zaburzenia wzrostu i rozwoju narządu żucia. W wyniku przedwczesnej utraty zębów mlecznych dochodzi do przesuwania pozostałych zębów i utraty przestrzeni niezbędnej dla prawidłowego wyrznięcia zębów stałych; zwiększa się ryzyko stłoczeń zębowych. W przypadku jednostronnej utraty zęba przedniego zaburzeniu ulec może linia pośrodkowa siekaczy (zęby sąsiednie będą „wędrować” w kierunku wolnego miejsca). Przedwczesna utrata zębów stałych prowadzi do przemieszczenia, rotacji i nachylenia (w kierunku luki) zębów sąsiadujących ustawionych z tyłu.