W uzębieniu stałym istnieje szereg przeciwwskazań względnych do leczenia endodontycznego i stosunkowo niedużo przeciwwskazań bezwzględnych. Każdy przypadek powinien być analizowany indywidualnie, z uwzględnieniem uwarunkowań miejscowych i ogólnoustrojowych.
Miejscowe wskazania i przeciwwskazania do leczenia endodontycznego zależą od miejscowych warunków związanych ze stanem zęba wymagającego terapii oraz od potrzeby zachowania zęba w łuku. Rozważa się również istnienie dodatkowych przeciwwskazań u pacjentów ze złą higieną jamy ustnej.
Znaczne zniszczenie korony procesem próchnicowym (gdy niemożliwa jest estetyczna, funkcjonalna i trwała odbudowa zęba) może stanowić przeciwwskazanie do leczenia endodontycznego (zwłaszcza w przypadku ubytków poddziąsłowych, które obejmują cement korzeniowy lub sięgają do bifurkacji korzeni).
Wysoki stopień zniszczenia korony nie powinien być jednak rozpatrywany w kategoriach przeciwwskazań bezwzględnych. U każdego pacjenta należy rozważyć możliwość wykorzystania korzeni jako miejsca umocowania wkładów koronowo-korzeniowych, na których zostanie odbudowana korona (w takich przypadkach istnieją wskazania do leczenia kanałowego).
Niedrożność kanału, która może być wynikiem obliteracji kanału, wypełnieniem materiałami trudnymi do usunięcia albo obecnością złamanego narzędzia czy wkładu koronowo-korzeniowego, wcześniej była przeciwwskazaniem do leczenia endodontycznego. Aktualnie w wielu przypadkach leczenie jest możliwe – dzięki wykorzystaniu nowoczesnych urządzeń i narzędzi endodontycznych. Np. za pomocą urządzeń optycznych do powiększania pola zabiegowego (mikroskopu, lupy) można znaleźć ujścia kanału niewidoczne podczas bezpośredniego badania wzrokiem; stosowanie środków chelatujących i narzędzi ultradźwiękowych pozwala usunąć złogi mineralne.
Kanał zakrzywiony – im większa krzywizna kanału, tym trudniejsze jego opracowanie (stopień zakrzywienia kanału można ocenić na podst. zdjęcia rentgenowskiego). We współczesnej endodoncji wykorzystuje się antykrzywiznową technikę opracowania kanałów i niklowo-tytanowe narzędzia, umożliwiające opracowanie kanałów zakrzywionych i bardzo zakrzywionych (ich giętkość zapobiega perforacji ściany kanału).
Również zęby z kanałami o budowie nietypowej mogą sprawiać trudności terapeutyczne i wymagać specjalnych metod postępowania.
Złamania koron i korzeni zębów – zęby z głębokim poddziąsłowym odłamaniem korony są przez niektórych autorów klasyfikowane jako przeciwwskazania do leczenia endodontycznego. Jednak u pacjentów młodocianych istnieją wskazania do leczenia kanałowego, nawet gdy niemożliwa jest odbudowa korony na wkładzie koronowo-korzeniowym. Wypełniony, zabezpieczony korzeń pozostawia się w zębodole do ~16. roku życia (co warunkuje prawidłowy rozwój kości wyrostka), a koronę odtwarza za pomocą czasowej ruchomej protezy.
W przypadku złamań korzeni – przeciwwskazaniem do leczenia zachowawczego są złamania podłużne i skośne (mają kontakt ze środowiskiem jamy ustnej). Natomiast endodontyczne leczenie złamań poprzecznych korzenia często umożliwia zachowanie zęba.
Typ zmian zapalnych w tkankach okw. – niektórzy autorzy są zwolennikami rutynowego leczenia zachowawczo-chirurgicznego torbieli korzeniowych (resekcji po leczeniu endodontycznym). Nowe wyniki badań wskazują jednak, że po zastosowaniu leczenia kanałowego obserwuje się gojenie zmian i odbudowę ubytków kości, także w przypadku torbieli. Wynik leczenia zachowawczego zależy od typu torbieli, np. zachowawcze leczenie torbieli z jamą wyścieloną wokół nabłonkiem, bez bezpośredniego kontaktu ze światłem kanału najczęściej jest nieskuteczne i wymaga leczenia chirurgicznego.
Bardzo małe jest również ryzyko zezłośliwienia torbieli. Aktualnie wielu autorów stoi na stanowisku, że w przypadku wszystkich rodzajów przewlekłych zapaleń w tkankach okw. mogą istnieć wskazania do leczenia kanałowego.
Rozległość zmian zapalnych w tkankach okw. – postęp w zakresie metod opracowania i wypełniania kanałów umożliwia leczenie endodontyczne nawet rozległych zmian, które w dawniej kwalifikowano do resekcji. Wskazaniem do zastosowania metod chirurgicznych (resekcji, hemisekcji, radektomii) jest negatywny wynik leczenia kanałowego odległych badań kontrolnych (po pół roku, roku lub dłużej).
Uwarunkowania protetyczne – kontrowersje budzi też stanowisko, że zębów leczonych z przyczyn zmian zapalnych w tkankach okw. nie można wykorzystać w charakterze filaru mostu lub podparcia protezy. Jeśli jednak ząb ze zmienionym chorobowo przyzębiem okw. to jedyna szansa na wykonanie mostu, stanowi on wskazanie do leczenia zachowawczego.
Prawidłowe leczenie endodontyczne bardzo często powoduje cofnięcie zmian zapalnych i umożliwia wykorzystanie zęba w celach protetycznych. Zalecana jest obserwacja i odroczenie wykonania stałych uzupełnień protetycznych do momentu potwierdzenia (radiologicznie) odbudowy kości.
Resorpcje patologiczne korzeni – resorpcja patologiczna komplikuje leczenie endodontyczne, ale nie zawsze stanowi wskazanie do usunięcia. Każdy przypadek należy rozpatrywać indywidualnie, uwzględniając rodzaj, lokalizację i rozległość resorpcji oraz ewentualną obecność perforacji ściany kanału.
Jatrogenna perforacja ściany kanału korzeniowego jest poważnym powikłaniem w endodoncji, ale nie w każdym przypadku stanowi przeciwwskazanie do kontynuacji leczenia. U części pacjentów możliwe jest skuteczne zamknięcie perforacji za pomocą właściwego materiału biozgodnego (m.in. MTA).
Współwystępowanie głębokiego zapalenia przyzębia brzeżnego i okołowierzchołkowego – przeciwwskazaniem do leczenia endodontycznego są zęby z pierwotnie istniejącymi głębokimi zapaleniami przyzębia brzeżnego i III stopniem rozchwiania (znacznym ubytkiem kości, obnażeniem korzeni, głębokimi kieszonkami kostnych) oraz z obumarciem miazgi i przewlekłymi zapaleniami w tkankach okw.
Wcześniejszy negatywny wynik leczenia kanałowego – zęby stałe leczone kanałowo w przeszłości bez efektu nie są przeciwwskazaniem do powtórnego leczenia (powinno się jednak przeanalizować przyczyny niepowodzeń). Przeciwwskazanie do powtórnego leczenia endodontycznego stanowią zęby mleczne.
Zły stan higieny jamy ustnej – nagromadzenie bakteryjnej płytki nazębnej związane jest z ryzykiem zabiegowego zakażenia miazgi i tkanek okw., ponadto przyspiesza degradację materiałów wykorzystywanych do rekonstrukcji twardych tkanek zęba. W takich przypadkach zaleca się nie rezygnować z leczenia endodontycznego, ale odpowiednio modyfikować kolejność postępowania. Podczas pierwszej wizyty należy wykonać zabiegi łagodzące ból, po czym konieczny jest instruktaż higieny jamy ustnej i zmotywowanie pacjenta do regularnego wykonywania zabiegów higienicznych. Właściwe leczenie endodontyczne przeprowadzane jest podczas kolejnych wizyt, gdy stan higieny ulega poprawie.