Obrona przyzębia przed działaniem bakterii opiera się na nieswoistej odporności wrodzonej i swoistej odporności nabytej. Wśród mechanizmów odporności wrodzonej istotną rolę odgrywają granulocyty obojętnochłonne i makrofagi, ale także limfocyty, układ dopełniacza, interferony i lizozym. Odporność nabyta natomiast wyraża się zdolnością rozpoznawania antygenu, swoistością reakcji i pamięcią immunologiczną.
Odporność wrodzona tkanek przyzębia zależy od ciągłości i zrogowacenia nabłonka dziąsła, od składników śliny i wrażliwości genetycznie uwarunkowanej. Istotną barierą (fizyczną i chemiczną) jest zewnętrzna, zrogowaciała warstwa nabłonka. Zawarty w ślinie śluz (pokrywający nabłonek) zawiera wiele substancji o silnym, synergistycznym działaniu bakteriostatycznym. W jego skład wchodzą również mucyny – rodzina glikoprotein warunkujących lepkość. Ekspresja mucyn zwiększa się pod wpływem kontaktu z antygenami bakteryjnymi. Mucyny wychwytują mikroorganizmy za pomocą swojego „lepkiego” końca, nie dopuszczając do zbliżenia do komórek nabłonka i umożliwiając ich szybkie usuwanie (mechanizm chroni komórki nabłonka przed zakażeniem, ale zapobiega też aktywacji mechanizmów odporności swoistej). Enzymy śliny zwalczają bakterie w różny sposób, np. lizozym (podstawowy czynnik antybakteryjny śluzu) ma zdolność rozkładania glikoprotein ściany komórkowej bakterii Gram-ujemnych i działa synergistycznie z laktoferryną, uczestniczącą w destabilizacji błony komórek bakterii i chelatowaniu kationów żelaza (Fe3+), niezbędnych dla procesu wzrostu wielu bakterii (laktoferryna ponadto wykazuje szeroką aktywność przeciwwirusową). Produkowane przez limfocyty interferony α i β stanowią element zarówno odporności naturalnej, jak nabytej (zwalczają głównie wirusy, ale bakterie również).
Do najistotniejszych mechanizmów odporności wrodzonej należy obrona naturalna, tworzona przede wszystkim z elementów komórkowych: komórek fagocytujących (granulocytów wielopłatowych, makrofagów) i komórek NK (natural killers) – limfocytów z dużymi ziarnistościami, zaangażowanych w nadzór immunologiczny.
Leukocyty wielopłatowe są zdolne do fagocytozy bakterii z płytki poddziąsłowej, co hamuje inwazję bakteryjną do tkanek przyzębia. Ich brak lub zaburzenie aktywności może wpływać na ciężki przebieg zapaleń przyzębia. Leukocyty wielojądrzaste wykazują zdolność adherencji do śródbłonka naczyń, zdolność do migracji, fagocytozy i zabijania bakterii.
Jednak leukocyty wielopłatowe pełnią podwójną rolę w patogenezie chorób przyzębia: obrony gospodarza przed zakażeniem bakteryjnym oraz niekorzystną: mogą przyczyniać się do niszczenia tkanki (za pośrednictwem uwalnianych enzymów lizosomalnych). Może to wywierać istotny wpływ na przebieg i patogenezę zapaleń przyzębia
Odporność nabyta, czyli rodzaj odporności zależny od zdolności rozpoznawania antygenu, swoistości reakcji i wykształcenia pamięci immunologicznej, obejmuje wczesną reakcję humoralną, późną komórkową i tolerancję immunologiczną (brak reakcji zdrowego organizmu na antygeny własne).
Odporność nabyta może wiązać się z reakcjami niekorzystnymi dla organizmu (typu nadwrażliwość, utrata tolerancji immunologicznej – autoimmunizacja). Ale rola mechanizmów odporności nabytej polega przede wszystkim na wzmacnianiu sprawności mechanizmów odporności wrodzonej oraz zachowaniu pamięci immunologicznej. Limfocyty, po rozpoznaniu antygenu, mogą inicjować wydzielanie immunoglobulin (przeciwciał) wiążących się z antygenem, mogą też bezpośrednio niszczyć antygen lub produkować cytokiny koordynujące odpowiedź immunologiczną.
Immunoglobuliny stanowią odpowiedź humoralną na antygeny bakteryjne z płytki nazębnej przenikające do dziąsła poprzez wewnętrzny nabłonek szczeliny dziąsłowej (nabłonek łączący). Immunoglobuliny redukują aktywność enzymów bakteryjnych i toksyn, ograniczają adherencję bakterii do śluzówki i neutralizują specyficzne antygeny. Jednak znaczne stężenie immunoglobulin u nadwrażliwego gospodarza może działać destrukcyjnie na otaczające tkanki.
Nadrzędną rolę w odporności nabytej odgrywają limfocyty, które mają m.in. zdolność modulowania odpowiedzi humoralnej i komórkowej, precyzyjnego rozpoznawania antygenów, zdolność walki z bakteriami i aktywacji fagocytów.
Monocyty (fagocyty jednojądrzaste), pełniące funkcje komórek żernych, mogą również:
Ponadto z monocytów wywodzą się osteoklasty, odpowiedzialne za resorpcję kości (przez rozpuszczanie i trawienie tkanki kostnej).