Za redukcję flory bakteryjnej w zakażonych kanałach odpowiada przede wszystkim opracowanie mechaniczno-chemiczne, ale nie zawsze można usunąć całkowicie drobnoustroje podczas pierwszej wizyty. Mimo poszerzenia i płukania kanałów roztworami o działaniu dezynfekującym w odgałęzieniach bocznych i kanalikach zębinowych mogą pozostać drobnoustroje. Celem kolejnego etapu leczenia, odkażenia kanałów, jest ich zniszczenie środkami antyseptycznymi, jakie pozostawia się w jamie zęba, zakładając szczelne wypełnienie czasowe.
Czas trwania zakażenia wywiera istotny wpływ na stopień zakażenia zębiny i głębokość wnikania drobnoustrojów. W martwicy miazgi, w szczególności z przewlekłym zapaleniem tkanek okw., gdy zakażenie zębiny trwa kilka-kilkanaście miesięcy, drobnoustroje mogą przenikać głęboko w odgałęzienia boczne kanałów i kanaliki zębinowe. W takich przypadkach uzasadnione jest stosowanie środków odkażających zębinę (leczenie powinno obejmować dwie wizyty). W świeżej infekcji zębiny natomiast głębokość przenikania drobnoustrojów jest stosunkowo nieduża i odkażanie z użyciem wkładek z antyseptykiem może być zbędne (mechaniczno-chemiczne opracowanie kanału bywa wystarczające; kanał można wypełnić podczas tej samej wizyty).
Zadaniem środków antyseptycznych w postaci czasowych wkładek (o konsystencji płynnej lub gęstej pasty) jest zniszczenie flory bakteryjnej pozostałej w kanale po mechaniczno-chemicznym opracowaniu. Powinny zatem zapewniać:
Nie powinny:
Pasty lecznicze powinny dodatkowo:
Dotąd nie udało się opracować środka odkażającego, który spełniałby wszystkie warunki.
Wodorotlenek wapnia i preparaty na jego bazie – najpowszechniejszy antyseptyk, który (oprócz działania odkażającego) wykazuje działanie odonto- i osteotropowe. Do odkażania kanałów wykorzystuje się preparaty nietwardniejące w postaci past.
Jod i jego pochodne – związki chemiczne szybko i skutecznie niszczące bakterie i ich toksyny, bez uszkadzania żywych komórek. W leczeniu kanałowym (pomiędzy wizytami) stosuje się wodne roztwory jodu (płyn Lugola i roztwór jodu w jodku potasu). Do dezynfekcji pola operacyjnego podczas leczenia endodontycznego wykorzystywana jest również jodyna. Jodoform (trójjodometan CHJ3) wykazuje podobne właściwości przeciwbakteryjne i nie działa drażniąco na tkanki okw. – jest składnikiem past leczniczych czasowo wypełniających kanały oraz materiałów do stałego wypełniania kanałów w zębach mlecznych.
Jod jest silnym alergenem, może przebarwiać tkanki zęba.
Metronidazol – silny chemioterapeutyk (pochodna nitroimidazolu) działający na bakterie beztlenowe i dobrze tolerowany przez tkanki okw., wykorzystywany w leczeniu martwicy miazgi. Może być używany w postaci pasty (wkładki dokanałowe zakładane na 2-3 dni) i (rzadziej) w postaci płynu (do płukania kanału).
Chlorheksydyna – antyseptyk o szerokim spektrum antybakteryjnym, znajduje zastosowanie w dezynfekcji kanałów pomiędzy wizytami; zazwyczaj w postaci ćwieków gutaperkowych impregnowanych 5-proc. octanem chlorheksydyny lub (rzadziej) w postaci 2-proc. żelu bądź płynu. Ćwieki Activ Point (z chlorheksydyną) stosowane są do odkażania kanałów w leczeniu antyseptycznym, zakładane po opracowaniu kanału (na tydzień do 3 tygodni); zawierają siarczan baru (dobrze widoczne na zdjęciu rentgenowskim).
Antybiotyki w endodoncji mają zastosowanie ogólne i miejscowe. Podanie ogólnoustrojowe jest wskazane w ostrych lub przewlekłych zaostrzonych ropnych zapaleniach tkanek okw., przebiegających z silnymi objawami ogólnymi. Antybiotyki w postaci wkładek dokanałowych wykorzystywane są w antyseptycznym leczeniu kanałowym.
Odkażanie kanałów korzeniowych, ze względu na różnorodną florę bakteryjną, wymaga zastosowania antybiotyków o szerokim spektrum działania – w postaci mieszanek poliantybiotykowych, zazwyczaj w połączeniu z kortykosteroidami i środkami grzybobójczymi. Mieszanki poliantybiotykowo-kortykosteroidowe są zalecane w leczeniu ostrych lub przewlekłych zaostrzonych zapaleń w tkankach okw.
Stosowanie niewielkich ilości antybiotyków (wprowadzanych do kanału) stwarza ryzyko powstania szczepów opornych; istnieje ponadto ryzyko uczuleń (szczególnie w przypadku penicyliny i streptomycyny) częściowo redukowane glikokortykosteroidami.