Jama ustna jest odgraniczona od środowiska zewnętrznego wargami. Jednak z uwagi na fakt, że jemy, pijemy, całujemy się, mówimy i uśmiechamy się, obszar jamy ustnej działa jak system otwarty, w którym dochodzi do okresowego kontaktu z czynnikami zewnętrznymi. Ponadto mniej lub bardziej systematycznie dbamy o higienę jamy ustnej, niektórzy noszą aparaty ortodontyczne, protezy, poddają się zabiegom chirurgicznym, przyjmują leki bądź chorują – to wszystko prowadzi do zmian istniejących uwarunkowań fizjologicznych i wpływa na mikroflorę tego obszaru. W efekcie:
Najczęściej za choroby jamy ustnej odpowiedzialne są bakterie i grzyby. Rzadziej – wirusy i pierwotniaki. Oto, co wiemy o patogennym wpływie poszczególnych grup drobnoustrojów na tkanki jamy ustnej:
Bakterie – W zdrowych tkankach jamy ustnej stwierdza się obecność umiarkowanej liczby bakterii z przewagą szczepów Gram (+) względnie tlenowych (oddychają głównie tlenem, ale przy jego niedoborze potrafią przejść na oddychanie beztlenowe). W jamie ustnej, w której toczy się proces zapalny, równowaga ta zostaje zniesiona: odnotowuje się wzrost liczby bakterii Gram (–) z kategorii bezwzględnych beztlenowców (tlen jest dla nich zabójczy). Im bardziej zaawansowana choroba, tym bakterii beztlenowych w stosunku do tlenowych jest więcej.
Beztlenowce należą do najgroźniejszych mikrowrogów zdrowia jamy ustnej. Ich szkodliwość dla tkanek związana jest z: