Leczenie kanałowe polega na trepanacji stropu komory zęba w celu usunięcia zainfekowanej miazgi komorowej i korzeniowej. Następnie przystępuje się do opracowania kanałów korzeniowych.
Obecnie stosuje się całe spektrum metod preparacji kanałów, służą temu metody chemomechaniczne. Polegają one na naprzemiennym opracowywaniu kanałów narzędziami ręcznymi lub maszynowymi i przepłukiwaniu kanału środkami chemicznymi, takimi jak: podchloryn sodu, sól fizjologiczna, woda utleniona, wersenian sodu, czy kwas cytrynowy. Niezależnie od wybranej techniki opracowywania kanału należy zawsze pamiętać o jego częstym przepłukiwaniu, w przeciwnym razie kanał może ulec zatkaniu opiłkami i nie będzie możliwe jego poprawne opracowanie, co może w przyszłości skutkować powikłaniami po leczeniu endodontycznym. Kolejnym istotnym elementem przy opracowywaniu kanału zęba o którym nie wolno zapomnieć jest nałożenie lubrykantu na narzędzia, którymi pracujemy. Nigdy nie wolno pracować narzędziami w kanale bez ich nawilżania. Stała wilgotność pracujących narzędzi sprawia, że opiłki twardych tkanek zęba oraz resztki miazgi zlepiają się wokół używanych instrumentów, ułatwia to ich usuwanie. Usuwanie zakażonych resztek tkanek kanału zęba jest elementem od którego w dużej mierze zależy powodzenie leczenia endodontycznego.
Step-back (z ang. step-back = „krok do tyłu”) polega na opracowywaniu kanału korzeniowego zęba stopniowo pilnikami o coraz większej grubości, zaczynając od pilnika najcieńszego. Pracę zaczyna się od wierzchołka idąc w stronę koronowej części kanału zęba.
Zanim przystąpi się do opracowywania kanału należy zmierzyć długość roboczą kanału, za pomocą pilnika o małej grubości. Długość robocza kanału to odcinek mierzony od punktu odniesienia do otworu wierzchołkowego kanału korzenia. Punktem odniesienia jest zwykle guzek na powierzchni żującej zęba, ale w przypadku braku guzków wybiera się inny charakterystyczny punkt. Pilnik, który jest użyty do mierzenie długości musi mieć nałożony stoper. Do pomiaru długości kanału można użyć endometru, lub tylko pilnika i linijki. Endometr jest szczególnie korzystny przy mierzeniu kanałów zakrzywionych. Wyklucza to sytuację, w której pilnik użyty do mierzenia zatrzymuje się w zakrzywieniu kanału, zamiast na jego wierzchołku. W przypadku niewykorzystywania endometru dojście do wierzchołka kanału zgłasza zwykle pacjent, który czuje ukłucie. Celem metody step-back jest uzyskanie stożkowatego kształtu kanału bez powstawania stopni. Lekarz używa następujących po sobie kolejnych coraz większych rozmiarów pilników. Każdy pilnik odcina i usuwa coraz większą ilość zębiny. Wyrównanie ścian kanału osiąga się poprzez pracę coraz większymi narzędziami an coraz mniejszą długość. Metoda step-back jest czasochłonna, ponieważ po użyciu każdego pilnika o większym rozmiarze wymagana jest rekapitulacja. rekapitulacja polega na dojściu pilnikiem głównym (MAF) na pełną długość kanału w celu sprawdzenia jego drożności. Należy bardzo dokładnie przepłukiwać kanały, aby uniknąć zapchania kanału resztkami opiłków powstających z tkanek obecnych w kanale korzeniowym. Ujścia kanałów opracowuje się wiertłami Gates-Gliddens na końcu procedury, zaczynając od wierteł z numerem 2.
Metoda ta wykorzystuje pilniki Kerra obracane od 1/8 do 1 pełnego obrotu, bez wyczuwalnego oporu z lekkim naciskiem w stronę wierzchołkową. W tej technice stosuje się coraz grubsze narzędzia Kerra, aby osiągnąć względnie niewielkie wyrównanie powierzchni kanałów przed zastosowaniem wierteł typu Gates-Gliddens o nr 2 i 3. Należy powtórnie zweryfikować długość roboczą kanału. Obróbka kanału w części wierzchołkowej następuje poprzez użycie kolejno coraz większych pilników i ich rotację w zakresie od 1/8 do 1 części pełnego obrotu. Użyte narzędzia mają poruszać się bez wyczuwalnego oporu. Ostateczna preparacja kanału następuje poprzez złączenie opracowanych części korzeniowych i koronowych kanału, tak, że powierzchnia jego ścian jest gładka i pozbawiona stopni.